Lontar ini merupakan lontar yang amat penting artinya dalam upaya untuk memahami ajaran Ketuhanan yang dianut oleh umat Hindu khususnya yang di Bali. Dikatakan bahwa lontar ini adalah sebuah kompilasi yang mernuat ajaran Saiwasiddhanta, oleh karena ada beberapa bagian dalam lontar Jnanasiddhanta ini yang juga terdapat pada lontar lain, misalnya ada pada Bhuwanakosa, Ganapatitatwa dan sebagainya.

Isinya pada prinsipnya adalah tentang "Kamoksaan" menurut ajaran Saiwasiddhanta. Keseluruhan isinya terdiri dari 27 Judul, yaitu:

1. Catur Viphala
2. Prayoga-sandhi
3. Sang Hyang Pranawa-Jnana Kamoksan
4. Sang Hyang Branawa-Tridevi
5. Sang Hyang Kahuwusan Jati-visesa
6. Nirmala-jnana-sastra
7. Panca Paramartha
8. Sang Hyang Naisthika-Jnana
9. Sang Hyang Maha Vindu
10. Sang Hyang Saptongkara
11. Sang Hyang Pancavimsati
12. Sang Hyang Dasatma-Sang Hyang Vindu-Prakriya
13. Pancatma
14. Sang Hyang Upadesa-Samuha
15. Sad-angga-yoga
16. Sang Hyang Atma-lingga, Lingodbhava
17. Utpeti-sthiti-pralina Sang Hyang Pranava
18. Caturdasaksara-pindha, Utpati-sthiti Pralina
19. Sang Hyang Bhedajnana
20. Sang Hyang Mahajnana
21. Sang Hyang Benem Vungkal
22. Pranayama, Sangksipta-puja
23. Sang Hyang Kaka-Hamsa
24. Sang Hyang Tirtha, Sapta Samudra-Sapta-Patala
25. Sang Hyang Saivasiddhanta
26. Utpati-Sthiti-Pralina Sang Hyang Vindu, Abhyantara
27. Jnanasiddhanta